中国秸秆网综合报道，我国秸秆综合利用存在的问题如下。
（一）秸秆的资源价值未被充分认识，利用方式缺乏重点
第一，秸秆的资源价值未被充分认识。秸秆焚烧年年禁，秸秆问题却始终未得到解决。地方对秸秆禁烧重要性存在认识不到位，具有畏难、厌战情绪。而只堵不疏或多堵少疏的做法，不利于秸秆问题的解决。市场未能充分发现秸秆作为资源应有的经济价值。秸秆作为一种生物质资源，其用途广泛，转化形式丰富，经济价值很高，所含有的丰富纤维质可以转化为全系列生化产品，但现有秸秆利用技术水平不高、附加值低、收储运渠道不畅导致秸秆收购价格偏低。在大部分农民的意识中，秸秆是粮食收割的废弃物，并无多少经济价值，而且占用耕地，对焚烧秸秆的危害性认识不足。
第二，秸秆利用方式重点不突出。秸秆利用目前主要为“五料”，但不同的利用方式在秸秆的吸纳量、产生的附加值等方面存在很大差别，若对秸秆利用方式重点缺乏认识，则秸秆利用的效率难以得到大幅提高。
（二）政策不系统，难以形成合力
第一，政策缺少细化措施的保障。国家出台的关于秸秆综合利用的文件有５个，大多是宏观层面的政策，其落实有待进一步细化深化。地方层面缺乏关于秸秆综合利用的总体规划。而且，秸秆综合利用缺乏国家专项资金的支持，单靠其他资金的零散支持或者地方资金难以使秸秆禁烧及综合利用工作有效开展。
第二，部门职责分散，难以形成合力。环保部门管理秸秆禁烧，农业部门主要是针对秸秆沼气制定补贴政策，能源局主要负责秸秆发电、供热等能源化利用方式，财政部门则是从财政资金支持及税收优惠层面对秸秆综合利用工作予以支持。由于各地对秸秆禁烧及综合利用重视程度不同，专门工作机构的设置、执行力度、落实效果也不尽相同。
第三，工业化利用方式的支持力度有待加强。目前各种利用方式的政策支持情况有所不同，其中，推动能源化利用的政策虽然最多，但并不完善。例如，财政部颁布的《秸秆能源化利用补助资金管理暂行办法》只是对秸秆能源化利用项目中属于并网发电的部分进行扶持，对非发电部分的补贴并未提及。此外，《暂行办法》对给予补助的企业有“注册资本金在１０００万元以上，年消耗秸秆量在１万吨以上”的要求，固然能够鼓励秸秆发电的规模化发展，但这一规定的门槛过高，中小型企业难以得到补贴，阻碍了民间资本对秸秆能源化产业的投资。秸秆原料化利用方式的支持政策不多，税收优惠力度不足，缺少明确的财政补贴规定。
第四，仅注重项目前期投入，缺乏持续稳定的支持。目前出台的政策主要是项目制，并非每年都有。而且，对项目的关注又集中在前期，延续性差。同时，对秸秆收储运、终端产品应用等方面支持不足，不利于形成完整的产业链。新建秸秆发电项目的建设成本达８０００—１００００元／千瓦，比同等规模的火电高出一倍还多。国家虽然规定生物质上网电价为０．７５元／千瓦时，高于火电上网电价约０．３元／千瓦时，但补贴所能够支撑的盈利空间极小，连技术较为成熟的秸秆发电厂都处于亏损运营状态。
（三）秸秆收集成本高、运输时间长、储存难度大，收储运体系不畅
第一，收集成本高。秸秆的收获季节性强，收获期较短，秋收时节，农民都在抢收，分不出精力收集秸秆。加上农民收集秸秆所得的收入还不够支付雇工费，而且国家对农民收集秸秆未予以补贴，所以农民收集秸秆的积极性不高。
第二，运输时间长。“百里不运草，千里不运粮”，运费高是秸秆规模化利用的瓶颈。我国秸秆资源分布不平衡，秸秆收集半径越大，运输时间越长，费用就越高。秸秆发电厂最理想的辐射区域是３０—５０公里，但为了收集到足够的秸秆，一般需要辐射到５０—１００公里，造成企业成本增加。
第三，储存难度大。秸秆本身不易防火、防水，难以长期储存。企业收购辐射地域有限，与农地之间距离远，运输路程长，加之秸秆收集后缺乏初加工，容易出现腐烂，进而影响利用效果。
（四）核心技术不成熟，已有技术有待推广
第一，我国秸秆综合利用技术有待加强。２０１２年，我国秸秆综合利用率达到７４．１％，各种利用方式占可利用总量的比例分别为：肥料化利用量占２６．４％，饲料化利用量占２７．８％，基料化利用量占２．９％，能源化利用量占１３．６％，原料化利用量占４．２％。可见，我国秸秆利用还停留在肥料化、饲料化、基料化等技术含量低、附加值小的农业化利用方式上，而发电、造纸、沼气等技术含量高、附加值大的工业化利用方式所占比例很小。我国秸秆沼气利用工程仍处于发展阶段，规模化生产和利用程度不高，主要用于生活供能，普遍存在规模小、运行状况不佳的情况；传统秸秆造纸污染严重、需水量大、能耗高，秸秆造纸有待清洁化、高效化。
第二，现有秸秆工业化利用的成熟技术有待推广。但是由于这些技术的初期投入普遍较大，而目前政策所给予的支持力度不足，市场认知度不高，稳定的消费市场尚未形成，使得现有技术推广缓慢。
（一）秸秆的资源价值未被充分认识，利用方式缺乏重点
第一，秸秆的资源价值未被充分认识。秸秆焚烧年年禁，秸秆问题却始终未得到解决。地方对秸秆禁烧重要性存在认识不到位，具有畏难、厌战情绪。而只堵不疏或多堵少疏的做法，不利于秸秆问题的解决。市场未能充分发现秸秆作为资源应有的经济价值。秸秆作为一种生物质资源，其用途广泛，转化形式丰富，经济价值很高，所含有的丰富纤维质可以转化为全系列生化产品，但现有秸秆利用技术水平不高、附加值低、收储运渠道不畅导致秸秆收购价格偏低。在大部分农民的意识中，秸秆是粮食收割的废弃物，并无多少经济价值，而且占用耕地，对焚烧秸秆的危害性认识不足。
第二，秸秆利用方式重点不突出。秸秆利用目前主要为“五料”，但不同的利用方式在秸秆的吸纳量、产生的附加值等方面存在很大差别，若对秸秆利用方式重点缺乏认识，则秸秆利用的效率难以得到大幅提高。
（二）政策不系统，难以形成合力
第一，政策缺少细化措施的保障。国家出台的关于秸秆综合利用的文件有５个，大多是宏观层面的政策，其落实有待进一步细化深化。地方层面缺乏关于秸秆综合利用的总体规划。而且，秸秆综合利用缺乏国家专项资金的支持，单靠其他资金的零散支持或者地方资金难以使秸秆禁烧及综合利用工作有效开展。
第二，部门职责分散，难以形成合力。环保部门管理秸秆禁烧，农业部门主要是针对秸秆沼气制定补贴政策，能源局主要负责秸秆发电、供热等能源化利用方式，财政部门则是从财政资金支持及税收优惠层面对秸秆综合利用工作予以支持。由于各地对秸秆禁烧及综合利用重视程度不同，专门工作机构的设置、执行力度、落实效果也不尽相同。
第三，工业化利用方式的支持力度有待加强。目前各种利用方式的政策支持情况有所不同，其中，推动能源化利用的政策虽然最多，但并不完善。例如，财政部颁布的《秸秆能源化利用补助资金管理暂行办法》只是对秸秆能源化利用项目中属于并网发电的部分进行扶持，对非发电部分的补贴并未提及。此外，《暂行办法》对给予补助的企业有“注册资本金在１０００万元以上，年消耗秸秆量在１万吨以上”的要求，固然能够鼓励秸秆发电的规模化发展，但这一规定的门槛过高，中小型企业难以得到补贴，阻碍了民间资本对秸秆能源化产业的投资。秸秆原料化利用方式的支持政策不多，税收优惠力度不足，缺少明确的财政补贴规定。
第四，仅注重项目前期投入，缺乏持续稳定的支持。目前出台的政策主要是项目制，并非每年都有。而且，对项目的关注又集中在前期，延续性差。同时，对秸秆收储运、终端产品应用等方面支持不足，不利于形成完整的产业链。新建秸秆发电项目的建设成本达８０００—１００００元／千瓦，比同等规模的火电高出一倍还多。国家虽然规定生物质上网电价为０．７５元／千瓦时，高于火电上网电价约０．３元／千瓦时，但补贴所能够支撑的盈利空间极小，连技术较为成熟的秸秆发电厂都处于亏损运营状态。
（三）秸秆收集成本高、运输时间长、储存难度大，收储运体系不畅
第一，收集成本高。秸秆的收获季节性强，收获期较短，秋收时节，农民都在抢收，分不出精力收集秸秆。加上农民收集秸秆所得的收入还不够支付雇工费，而且国家对农民收集秸秆未予以补贴，所以农民收集秸秆的积极性不高。
第二，运输时间长。“百里不运草，千里不运粮”，运费高是秸秆规模化利用的瓶颈。我国秸秆资源分布不平衡，秸秆收集半径越大，运输时间越长，费用就越高。秸秆发电厂最理想的辐射区域是３０—５０公里，但为了收集到足够的秸秆，一般需要辐射到５０—１００公里，造成企业成本增加。
第三，储存难度大。秸秆本身不易防火、防水，难以长期储存。企业收购辐射地域有限，与农地之间距离远，运输路程长，加之秸秆收集后缺乏初加工，容易出现腐烂，进而影响利用效果。
（四）核心技术不成熟，已有技术有待推广
第一，我国秸秆综合利用技术有待加强。２０１２年，我国秸秆综合利用率达到７４．１％，各种利用方式占可利用总量的比例分别为：肥料化利用量占２６．４％，饲料化利用量占２７．８％，基料化利用量占２．９％，能源化利用量占１３．６％，原料化利用量占４．２％。可见，我国秸秆利用还停留在肥料化、饲料化、基料化等技术含量低、附加值小的农业化利用方式上，而发电、造纸、沼气等技术含量高、附加值大的工业化利用方式所占比例很小。我国秸秆沼气利用工程仍处于发展阶段，规模化生产和利用程度不高，主要用于生活供能，普遍存在规模小、运行状况不佳的情况；传统秸秆造纸污染严重、需水量大、能耗高，秸秆造纸有待清洁化、高效化。
第二，现有秸秆工业化利用的成熟技术有待推广。但是由于这些技术的初期投入普遍较大，而目前政策所给予的支持力度不足，市场认知度不高，稳定的消费市场尚未形成，使得现有技术推广缓慢。
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