1、由于秸秆还田量过大或不均匀易发生土壤微秸秆生物（即秸秆转化的微生物）与作物幼苗争夺养分的矛盾，甚至出现黄苗、死苗、减产等现象。所以一般每亩秸秆粉碎翻压还田不超过300公斤，最多不超过500公斤，否则，会影响秸秆在土壤中的分解速度及作物产量。因此在秸秆直接还田时，一般还应适当增施一些氮肥，缺磷的补施磷肥，但这样又会增加秸秆还田的成本，有时农民也不乐意。
2、秸秆翻压还田后，使土壤变得过松，孔隙大小比例不均、大孔隙过多，导致跑风。我们应该采取的措施是适时灌水，或用石硫碾压，使土壤与种子接触紧密，能够正常发芽。或者是加大粉碎细度，最好达到3.5厘米以下，但这样就会增加能耗，加大成本。
3、易发生病虫害。秸秆中的虫卵、带菌体等一些病虫害，在秸秆直接粉碎过程中无法杀死，还田后留在土壤里，病虫害直接发生或者越冬来年发生。现还没有有效的措施进行处理。
4、中国农村的耕作制度，不适合大面积的机械作业，农民都是一家一户，土地面积小，大面积，的农业机械作业还推广不开，小面积的秸秆机械还田成本高，农民不易接受而且技术不成熟，在晴朗干燥的天气作业造成黄土飞扬、尘埃满天的污染。
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