省生态环境厅、省发展改革委、省农业农村厅、省公安厅、省交通运输厅、省应急管理厅对各地秸秆禁烧工作实行分片监督指导，督促落实省秸秆禁烧工作各项政策及具体任务。其中，省发展改革委负责督导黄山市，省农业农村厅负责督导阜阳市，省公安厅负责督导芜湖市，省交通运输厅负责督导宣城市，省应急管理厅负责督导铜陵市，省生态环境厅负责督导其他11个市，并负责16个市的秸秆禁烧火点机动巡查。
省生态环境厅于全年秸秆禁烧工作结束后，以每百万亩火点数为依据，对各市秸秆禁烧工作进行考评，评分结果提交省政府目标管理绩效考核领导小组。同时，会同省财政厅按照全年秸秆焚烧火点数对省财政秸秆禁烧和综合利用奖补资金进行清算，重点区域内每发现1个焚烧火点扣5%省奖补资金，非重点区域每发现1个焚烧火点扣2%省奖补资金，因省奖补资金扣回形成的补助缺口，由市、县全额承担。对禁烧工作不力，出现大面积焚烧秸秆现象，造成空气质量恶化的地区，由省生态环境厅采取区域限批措施。
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